个人转让有限责任公司股权，按"财产转让所得"缴纳个人所得税，税率 20%，应纳税所得额为股权转让收入减除股权原值和合理费用后的余额。看似简单，实务争议几乎都集中在两个点上：收入怎么算，原值怎么证明。
收入明显偏低的核定规则
符合下列情形之一，视为股权转让收入明显偏低：
- 申报的股权转让收入低于股权对应的净资产份额
- 低于初始投资成本
- 低于相同或类似条件下同一企业同一股东或其他股东股权转让收入
- 低于相同或类似条件下同类行业企业股权转让收入
- 不具有合理理由的无偿让渡股权
出现上述情形且无正当理由的，主管税务机关可以核定股权转让收入。常用方法包括净资产核定法、类比法和其他合理方法，其中净资产核定法最为常用：按每股净资产或股权对应的净资产份额核定。
哪些属于"正当理由"
政策明确了若干不视为明显偏低的正当理由，例如：能出具有效文件证明被投资企业因国家政策调整、生产经营受到重大影响导致低价转让；继承或将股权转让给其能提供法定身份关系证明的配偶、父母、子女等近亲属；相关法律、政府文件或企业章程规定，并有充分证据证明转让价格合理等。
需要注意的是，"公司亏损所以低价转让"并不自动成立。若企业虽有账面亏损但持有房产、土地、股权等增值资产，税务机关仍可能按公允价值调整净资产后再核定。
股权原值如何证明
以现金出资取得的股权，原值为实际支付的价款与相关税费之和；以非货币性资产出资取得的，原值为该资产经评估后的价格与相关税费之和；通过无偿让渡取得的，原值为取得股权发生的合理税费与原持有人股权原值之和。
实务中最容易出问题的是历史出资凭证缺失：早年以现金增资但无银行流水、以实物出资但无评估报告、代持还原时无完整链条。原值无法证明的，税务机关可能按转让收入的 15% 核定原值，导致税负显著上升。
操作建议
- 转让前先做净资产测算，判断申报价格是否会触发核定
- 整理历次出资的银行凭证、验资报告、评估报告，形成原值证明链
- 如确需低价转让，提前准备正当理由的证明材料
- 关注扣缴义务：受让方为扣缴义务人，应在协议签订后按规定申报
- 涉及国有股权、上市公司股权的，还需履行评估备案、信息披露等程序